大部分病例，依据临床表现都可做出诊断。如原发性感染多见于幼儿，急性发作，全身反应重，口腔黏膜的任何部位和口唇周围可出现成簇的小水疱。疱破后，口腔黏膜形成浅溃疡，口周皮肤形成结痂。复发性感染成人多见，全身反应轻。在口角、唇缘及皮肤出现典型的成簇小水疱。
口腔单纯疱疹应与以下疾病辨别：
1.口炎型口疮
损害为散在分布的单个小溃疡，病程反复，不经过发疱期，溃疡数目较多，主要分布于口腔内角化程度较差的黏膜处，不导致龈炎，儿童少见，无皮肤损害。
2.三叉神经带状疱疹
是由水痘|带状疱疹病毒引起的颜面皮肤和口腔黏膜的病损。水疱较大，疱疹聚集成簇，沿三叉神经的分支排列成带状，但低于中线。疼痛剧烈，甚至损害愈合后在一段时期内仍有疼痛。本病任何年龄都可发生，愈合后多不再复发。
3.手足口病
是因感染柯萨奇病毒A16、A5、A10和肠道病毒EV71型所引起的皮肤黏膜病。前驱症状有发热、困倦与局部淋巴结肿大，然后在口腔黏膜、手掌、足底出现散在水疱、丘疹与斑疹，数目不等。斑疹周围有红晕，没有明显压痛，其中央为小水疱，皮肤的水疱数日后干燥结痂。口腔损害广泛分布于唇、颊、舌、腭等处，初起时多小水疱，飞速成为溃疡，经5～十日后愈合。但依据国内外资料，与其他肠道病毒引起的手足口病相比，由EV71型感染引起的疾病发生重症感染的比率较大，病死率也较高，重症病例病死率可达10%～25%，应该引起看重。
4.疱疹性咽峡炎
由柯萨奇病毒A4所引起的口腔疱疹损害，临床表现较似急性痘疹性龈口炎，但前驱期症状和全身反应都较轻，病损的分布只限于口腔后部，如软腭、悬雍垂、扁桃体处，为丛集成簇的小水疱，不久溃破成溃疡，损害极少发于口腔前部，牙龈不受损害，病程大约7天。
5.多形性红斑
多形渗出性红斑是一组累及皮肤和黏膜，以靶形或虹膜状红斑为典型皮损的急性炎症性皮肤黏膜病。诱发原因包含感染、药物，但也有的找不到明显因素。黏膜充血水肿，有时可见红斑及水疱。但疱非常快破溃，故最容易见到的病变为大面积糜烂。糜烂表面有很多渗出物形成厚的假膜。病损易出血，在唇部常形成较厚的黑紫色血痂。皮损为常对称分布于手背、足背、前臂，损害为红斑、丘疹、水疱、大疱或血疱等。斑疹为水肿性红斑，呈圆形或卵圆形，可向周围扩展，中央变为暗紫红色，衬以鲜红色边缘，若中央水肿吸收凹陷成为盘状者，称为靶形红斑。
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