两者在病理上不同在哪？

因为你没明确指出“两者”具体是什么，下面我以口腔容易见到的两种疾病——牙源性角化囊肿和含牙囊肿为例，来讲解它们在病理上有什么区别。

牙源性角化囊肿又称始基囊肿，是一种容易见到的牙源性囊肿。其病理表现具备独特之处。在肉眼察看时，囊肿壁较薄，囊腔内常含有黄白色发亮的角化物或干酪样物质。镜下可见，衬里上皮为较薄的、厚度一致的复层扁平上皮，一般无上皮钉突，上皮表面呈波浪状或皱褶状，表层角化多呈不全角化。棘细胞层较薄，常呈细胞内水肿。基底细胞层界限了解，由柱状或立方状细胞组成，胞核着色深且离得远远的基底膜，呈栅栏状排列。纤维囊壁较薄，一般无炎症，但合并感染时，囊壁增厚，可见炎细胞浸润。有时纤维囊壁内可见微小的子囊和（或）上皮岛。

含牙囊肿又称滤泡囊肿，是指囊壁包括一个未萌牙的牙冠并附着于该牙的牙颈部的囊肿。肉眼察看，囊肿内含牙冠，囊壁附着于釉牙骨质界处。镜下，衬里上皮为复层扁平上皮，一般较薄，由2 | 5层扁平细胞或矮立方状细胞组成，无角化，无上皮钉突。在囊壁中偶尔可见牙源性上皮岛或微小囊肿。纤维囊壁较薄，一般无炎症，但若继发感染，囊壁内可见很多炎细胞浸润。

综上所述，牙源性角化囊肿和含牙囊肿在病理上有明显不同。从衬里上皮来看，牙源性角化囊肿有不全角化、棘细胞层薄、基底细胞呈栅栏状排列等特点，而含牙囊肿无角化、上皮较薄且无钉突。纤维囊壁方面，牙源性角化囊肿可能有子囊和上皮岛，含牙囊肿则偶见牙源性上皮岛或微小囊肿。这类病理特点对于准确诊断和治疗这两种疾病具备要紧意义。