微生物是存在于自然界的一大群体形微小、结构简单、肉眼直接看不见，需要借用光学显微镜或电子显微镜放大数百倍、数千倍，甚至数万倍才能察看到的微小生物。
从大小和结构层面来看，微生物个体极其微小，其结构有些很简单。譬如病毒，它没细胞结构，仅由核酸（DNA或RNA）和蛋白质外壳组成，是一类非细胞型微生物，需要在活细胞内寄生才能表现出生命活动。细菌则是原核细胞型微生物，有细胞壁、细胞膜、细胞质等基本结构，但没核膜包绕的细胞核，只有裸露的环状双链DNA聚集区。真菌是真核细胞型微生物，具备完整的细胞核和细胞器，细胞结构相对复杂。
从分布范围来讲，微生物具备极其广泛的分布。它们存在于土壤、水、空气、动植物体表与人体的每个部位。土壤是微生物的大本营，其中含有很多的细菌、放线菌、真菌等。在水中，无论是江河湖海，还是地下水，都有微生物的踪迹。空气中也漂浮着各种微生物，如细菌芽孢、真菌孢子等。
从对人类的影响来讲，微生物与人类的关系密切且复杂。一方面，很多微生物对人类有益。在工业上，可借助微生物发酵生产酒精、抗生素、维生素等商品；在农业上，根瘤菌能固氮，为植物提供氮素营养；在人体中，正常菌群对保持人体的生理平衡起着要紧用途，如肠道中的双歧杆菌可以调节肠道微生态，增强免疫力。其次，有的微生物能引起人类和动植物的病害，被叫做病原微生物。比如，结核分枝杆菌可引起结核病，流感病毒可致使时尚性感冒，给人类健康和农牧业生产带来紧急风险。
综上所述，微生物是一类具备独特生物学特质、分布广泛且对人类生活有着深远影响的微小生物群体。
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