因为你没说明“两者”具体是什么，我就以口腔执业助理医师资格考试中常涉及的牙源性囊肿和非牙源性囊肿的主要不同为例来为你进行解答。
牙源性囊肿和非牙源性囊肿存在多方面的差异。第一在组织来源上，牙源性囊肿是由成牙组织或牙的上皮或上皮剩余演变而来的，譬如根尖周囊肿源自根尖部的牙周膜内的上皮剩余；含牙囊肿则发生于牙冠或牙根形成之后，在缩余釉上皮与牙冠面之间出现液体渗出而形成。而非牙源性囊肿的组织来源与牙齿无关，如鼻腭管囊肿源自鼻腭管上皮剩余，鳃裂囊肿源自鳃裂的上皮剩余。
临床表现上也有不同。牙源性囊肿多与牙齿有关，根尖周囊肿常有深龋、残根或死髓牙等病灶牙存在，囊肿大小不等，可致使颌骨膨胀，一般没有明显自觉症状，若继发感染则会出现疼痛等症状。含牙囊肿容易见到于下颌第三磨牙及上颌尖牙区，囊肿内含有一颗未萌出的牙齿。非牙源性囊肿中，鼻腭管囊肿坐落于腭中线前部，可致使腭部黏膜膨隆；鳃裂囊肿多坐落于颈部，以第二鳃裂来源的囊肿最为容易见到，一般无自觉症状，继发感染时会出现疼痛、肿胀。
影像学表现方面，牙源性囊肿在X线片上一般表现为圆形或椭圆形的透射区，边界明确，周围有致密的骨白线，根尖周囊肿的透射区与根尖相连，含牙囊肿可见囊内有牙齿影像。非牙源性囊肿的X线表现因囊肿的部位和种类而异，鼻腭管囊肿在X线片上可见切牙管扩大的透射区，鳃裂囊肿在颈部CT等影像学检查中可显示边界明确的囊性肿物。
治疗办法也有所不同。牙源性囊肿的治疗一般需要处置病灶牙，如根尖周囊肿在摘除囊肿的同时，多数状况下需要对病灶牙进行根管治疗；含牙囊肿一般需要拔除含于囊内的牙齿并摘除囊肿。非牙源性囊肿主如果手术切除囊肿，如鼻腭管囊肿需完整切除囊肿组织，鳃裂囊肿手术时应该注意防止损伤周围的要紧神经、血管等结构。
假如以上不是你想要的“两者”，你可以明确指出具体是哪两者，
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