容易见到的信号分子可以参考其化学性质、用途方法等进行分类，主要有以下几个种类：
第一类是气体性信号分子，如一氧化氮（NO）和一氧化碳（CO）。一氧化氮是一种结构简单、半衰期短的小分子气体，它可以自由扩散通过细胞膜。在体内，它参与了很多生理过程，譬如血管舒张。当血管内皮细胞遭到刺激时会释放一氧化氮，它能飞速扩散到周围的平滑肌细胞，激活鸟苷酸环化酶，使细胞内cGMP水平升高，从而致使平滑肌舒张，血管扩张。一氧化碳也具备类似的信号传递功能，在神经系统等方面发挥用途。
第二类是疏水性信号分子，主要包含类固醇激素、甲状腺素等。这种信号分子具备脂溶性，可以直接穿过细胞膜进入细胞内部。进入细胞后，它们与胞内受体结合形成激素 | 受体复合物，该复合物可以进入细胞核，与特定的DNA序列结合，调节基因的表达，进而影响细胞的代谢、成长和分化等过程。比如，雌激素可以与靶细胞内的雌激素受体结合，调控有关基因的转录，对女人的生殖系统发育和生理功能保持起着要紧用途。
第三类是亲水性信号分子，这是类型最多的一类信号分子，包含神经递质、成长因子、细胞因子和大部分激素等。神经递质如乙酰胆碱、多巴胺等，在神经元之间或神经元与效应细胞之间传递信号。当神经冲动到达突触前膜时，神经递质被释放到突触间隙，与突触后膜上的受体结合，引起离子通道的开放或关闭，从而改变突触后细胞的膜电位。成长因子如表皮成长因子（EGF），可以刺激细胞的成长和增殖。细胞因子如白细胞介素等，在免疫调节、炎症反应等过程中发挥重点用途。这类亲水性信号分子不可以直接穿过细胞膜，而是通过与细胞表面的受体结合，启动细胞内的信号转导渠道来发挥用途。
综上所述，不相同种类型的信号分子在细胞间和细胞内的信号传递中发挥着各自独特有哪些用途，它们相互协调，一同保持生物体的正常生理功能。
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