细菌的特殊结构是指某些细菌特有些结构，这类结构对于细菌的存活、致病与与外面环境的相互用途等方面具备要紧意义。细菌的特殊结构主要包含荚膜、鞭毛、菌毛和芽孢。
荚膜是某些细菌在细胞壁外包绕的一层黏液性物质，厚度大于0.2μm称为荚膜，小于0.2μm则称为微荚膜。荚膜的化学成分多数为多糖，少数为多肽。它具备多种功能，一方面，荚膜具备抗吞噬用途，是细菌的要紧毒力因子，可以保护细菌抵抗吞噬细胞的吞噬和消化，使细菌在宿主体内得以存活和繁殖；其次，荚膜还能保护细菌免受干燥等外面环境原因的影响，并且在营养缺少时可作为营养物质被细菌借助。
鞭毛是某些细菌表面附着的细长呈波状弯曲的丝状物，是细菌的运动器官。依据鞭毛的数目和地方，可或有鞭毛的细菌分为单毛菌、双毛菌、丛毛菌和周毛菌。鞭毛的化学成分主如果蛋白质，具备抗原性，可用于细菌的鉴别和分类。除此之外，鞭毛运动能增强细菌对宿主的侵害，由于它可使细菌趋向营养物质，而逃避有害物质。
菌毛是很多革兰阴性菌和少数革兰阳性菌菌体表面存在的比鞭毛更细、更短而直硬的丝状物，分为普通菌毛和性菌毛两类。普通菌毛数目较多，遍布菌细胞表面，是细菌的黏附结构，能与宿主细胞表面的特异性受体结合，与细菌的致病性密切有关。性菌毛仅见于少数革兰阴性菌，比普通菌毛长而粗，数目少，一般只有1 | 4根。带有性菌毛的细菌称为F⁺菌或雄性菌，无性菌毛的细菌称为F⁻菌或雌性菌。性菌毛能在细菌之间传递遗传物质，如耐药因子等，使细菌获得新的生物学性状。
芽孢是某些细菌在肯定的环境条件下，胞质脱水浓缩，在菌体内部形成的一个圆形或椭圆形的小体。芽孢带有完整的核质、酶系统和合成菌体组分的结构，能保存细菌全部生命活动的物质，是细菌的休眠形式。芽孢对热、干燥、辐射、化学消毒剂等理化原因均有强大的
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