厌氧菌是一类在无氧条件下比在有氧环境中成长更好的细菌，依据其对氧的耐受程度、形态和代谢等特征，主要有以下几种分类方法。
依据能否形成芽孢，可分为芽孢厌氧菌和无芽孢厌氧菌。芽孢厌氧菌主如果梭状芽孢杆菌属，如破伤风梭菌、产气荚膜梭菌、肉毒梭菌等。破伤风梭菌能产生破伤风痉挛毒素，致使破伤风，病人会出现牙关紧闭、角弓反张等的表现；产气荚膜梭菌可引起气性坏疽，使局部组织产气、水肿、坏死，病情进展飞速且紧急；肉毒梭菌产生的肉毒毒素毒性最强，可致使肉毒中毒，影响神经系统功能，出现视力模糊、吞咽困难等的表现。
无芽孢厌氧菌多种多样，是人体正常菌群的要紧组成部分，主要包含革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性球菌、革兰氏阳性杆菌和革兰氏阴性杆菌。革兰氏阳性球菌有消化链球菌属，常与其他细菌混合感染，引起口腔、女人生殖道等部位的感染；革兰氏阴性球菌主如果韦荣菌属，在口腔、呼吸道等部位较为容易见到。革兰氏阳性杆菌有丙酸杆菌属、双歧杆菌属等，丙酸杆菌可参与痤疮的发生；双歧杆菌对保持肠道微生态平衡有要紧用途。革兰氏阴性杆菌有类杆菌属、普雷沃菌属、卟啉单胞菌属等，类杆菌属中的脆弱类杆菌是临床上最容易见到的条件致病菌，可引起腹腔、盆腔等部位的感染；普雷沃菌属和卟啉单胞菌属与牙周病的发生进步密切有关。
除此之外，还可依据厌氧菌对氧的耐受程度，分为专性厌氧菌、微需氧厌氧菌和耐氧厌氧菌。专性厌氧菌只能在无氧环境中成长，氧对其有抑制或致死用途；微需氧厌氧菌在低氧分压（5% | 10%）环境中成长最好，氧浓度过高或过低都不利于其成长；耐氧厌氧菌虽在有氧环境中能存活，但成长受肯定影响，在无氧环境中成长更好。
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