巴比妥类药物是临床上一类容易见到的药物，用过程中或许会产生多种不好的反应。
宿醉现象是巴比妥类药物较为容易见到的不好的反应之一。病人在服用巴比妥类药物后，次晨或许会出现头晕、困倦、精神不振、精细运动不协调等的表现，就像醉酒后刚醒的状况。这是由于药物在体内的代谢需要肯定时间，即便夜间睡眠时药物发挥了催眠用途，但到次日药物仍有肯定浓度残留于体内，影响神经系统功能。
耐受性也是需要关注的问题。连续用药后，机体对巴比妥类药物的反应性减少，要达到原来的治疗成效，就需要不断增加药物剂量。这不只增加了用药本钱，还加强了不好的反应发生的风险。其产生耐受性的机制可能与神经组织对药物产生适应性和诱导肝药酶加速自己代谢有关。
依靠性包含精神依靠和身体依靠。精神依靠表现为病人对药物有连续用的欲望，心理上渴望第三用药以获得舒适感。身体依靠则更为紧急，一旦忽然停药，病人会出现戒断的表现，如焦虑、失眠、震颤、惊厥等。长期用巴比妥类药物后，机体的生理功能已经对药物产生了适应，忽然停药打破了这种平衡，从而引发一系列紧急的身体反应。
呼吸抑制是巴比妥类药物较为紧急的不好的反应。特别是在剂量过大或静脉注射速度过快时，可抑制呼吸中枢，使呼吸频率减慢、潮气量减少，紧急时可致使呼吸停止。这是由于巴比妥类药物能直接抑制脑干呼吸中枢，减少呼吸中枢对二氧化碳的敏锐性。
除此之外，巴比妥类药物还可能引起过敏反应，如皮疹、药热等，紧急的过敏反应甚至可能致使剥脱性皮炎。对某些病人来讲，还可能出现肝功能损害，影响肝脏的正常代谢和解毒功能。同时，巴比妥类药物还可能影响心血管系统，致使血压降低、心率改变等。在用巴比妥类药物时，大夫需要充分权衡其治疗成效和可能出现的不好的反应，小心用药，并密切察看病人的反应。
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