根管充填是根管治疗术的最后一个要紧步骤，其目的是严密封闭根管系统，预防细菌第三侵入，促进根尖周病变的愈合。常见的根管充填材料主要有以下几类：
固体类根管充填材料：牙胶尖是最常见的固体类根管充填材料，它具备好的可塑性，加热后能软化，冷却后又能变硬，能与根管壁紧密贴合。牙胶尖不溶于组织液，对人体组织无刺激，并且具备肯定的X线阻射性，便于在X线片上察看充填状况。银尖也是一种曾被用的固体充填材料，它的优点是具备肯定的强度和较好的X线阻射性，但因为其生物相容性较差，不可以与根管壁紧密贴合，容易致使微渗漏，目前已经较少用。
糊剂类根管充填材料：氧化锌丁香油糊剂是一种传统的根管充填糊剂，它具备安抚、镇痛用途，对根尖周组织刺激性小，能促进根尖周病变的愈合。但它的缺点是凝固时间较长，充填后容易被吸收，封闭性能相对较差。氢氧化钙糊剂具备强碱性，能抑制细菌成长，促进硬组织形成，对根尖周组织有好的生物相容性，可用于根尖诱导成形术等。然而，它的流动性较大，单独用时很难充满整个根管。碘仿糊剂有杀菌、防腐、除臭用途，能降低渗出，促进根尖周组织的修复，常用于感染根管的充填。树脂类根管充填糊剂具备好的封闭性能、粘结性和生物相容性，聚合后体积变化小，能与根管壁形成较好的密封，是现在临床应用较为广泛的一类糊剂。
液体类根管充填材料：酚醛树脂曾被用，它能渗透到牙本质小管中，封闭根管系统，但它的颜色较深，会使牙齿变色，并且对根尖周组织有肯定的刺激性，目前已较少应用。
在临床实践中，一般会将固体类材料与糊剂类材料联合用，以达到更好的根管充填成效。比如，使用牙胶尖配合根管充填糊剂进行侧方加压充填或热牙胶垂直加压充填，能更有效地封闭根管，提升根管治疗的成功率。
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