长期用糖皮质激素会带来多方面的害处。
在代谢方面，糖皮质激素会致使糖代谢紊乱，它能促进糖原异生，降低外周组织对葡萄糖的摄取和借助，从而使血糖升高，长期用可能引发类固醇性糖尿病。在蛋白质代谢上，会加速蛋白质分解，抑制蛋白质合成，致使肌肉萎缩、伤口愈合延迟等。脂肪代谢也会遭到影响，使脂肪重新分布，形成向性情肥胖，表现为满月脸、水牛背等特点。同时，还会干扰水和电解质代谢，致使水钠潴留，引起水肿，并且促进钾排泄，导致低钾血症。
对骨骼系统而言，糖皮质激素会抑制成骨细胞的活性，降低骨基质合成，增加破骨细胞数目及活性，加速骨吸收，长期用易引发骨质疏松，紧急时甚至可能致使骨折，特别是脊椎、髋部等部位。
在消化系统方面，它会增加胃酸和胃蛋白酶的分泌，削弱胃黏膜的保护用途，诱发或加重胃、十二指肠溃疡，紧急时可能致使消化道出血或穿孔。
免疫系统上，糖皮质激素会抑制免疫系统的功能，减少机体的抵抗力，使人体更容易遭到细菌、病毒等病原体的侵袭，增加感染的风险，而且感染后症状可能不典型，容易延误诊断和治疗。
精神神经系统方面，部分病人会出现精神症状，如欣快感、激动、失眠等，少数人还可能诱发精神失常或癫痫发作。
除此之外，长期用糖皮质激素还可能引起青光眼、白内障等眼部病变，儿童长期应用会干扰成长发育。所以在用糖皮质激素时，必须要严格学会适应证和剂量，并密切监测不好的反应。
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