牙本质是构成牙齿主体的硬组织，其基本结构包含以下几个要紧部分。
第一是牙本质小管，它是贯穿牙本质全层的管状空间，自牙髓表面向釉牙本质界呈放射状排列。在牙尖部及根尖部小管较直，而在牙颈部则弯曲呈“～”形，近牙髓端的凸弯向着根尖方向。小管近牙髓一端较粗，其直径约为2.5μm，越向表面越细，近表面处约为1μm，且排列稀疏。牙本质小管内含有成牙本质细胞突起和组织液，这类结构对于牙本质的营养提供和感觉传导起着重点用途。
第二是成牙本质细胞突起，它是成牙本质细胞的原浆突，该突起伸人牙本质小管内，在其整个行程中分出细的小支，与邻近小管的成牙本质细胞突起分支相联系。成牙本质细胞突起和牙本质小管之间有一小的空隙，称为成牙本质细胞突周间隙。间隙内充满组织液，含有较高浓度的钾离子，这对于保持细胞的正常生理功能和牙本质的活性至关要紧。
再者是细胞间质，其主要由胶原纤维和矿化的基质构成。胶原纤维主要为Ⅰ型胶原，交织成网状，它增强了牙本质的韧性。矿化的基质中无机物约占重量的70％，主要为羟磷灰石晶体。有机物中主要为糖蛋白，还有结合水。细胞间质依据矿化程度不同可分为不同地区，如管周牙本质、管间牙本质等。管周牙本质构成牙本质小管的壁，矿化程度高；管间牙本质坐落于管周牙本质之间，矿化程度相对较低。除此之外，在牙本质的最外层还有罩牙本质和透明层，罩牙本质是最早形成的紧靠釉牙本质界的一层原发性牙本质，其基质胶原纤维排列与小管平行；透明层坐落于根部牙本质的最外层，是一层无结构、不含胶原纤维的牙本质。
综上所述，牙本质的这类基本结构相互协作，一同保持着牙齿的正常形态和功能。
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